C'est une question à se poser dès le début de la création de votre site.  

Suivant le squelette choisi, il vous sera possible de positionner vos menus dans différents endroits :

Les plus courants sont : Le côté gauche et/ou le haut.

Le menu sur le côté gauche :

C'est l'organisation qui vous conviendra dans 90% des cas :Cette position permet en effet une lisibilité maximale (ne lisons-nous pas de gauche à droite) ainsi qu'une très bonne évolutivité : Pour rajouter des éléments, le menu ne s'allonge vers le bas que d'une petite hauteur

Le Menu du haut :

Il est lui réservé à présenter un choix simple : A chaque ajout d’éléments, sa longueur s’accroît de la longueur de l’élément ajouté, ainsi nous sommes très vite limité par le largeur de l’écran.

Il peut néanmoins être intéressant de l’utiliser pour des sites très simples dans leur organisation, ou comme menu secondaire.